而在文渊阁，由太子主持的国务会议则是在商讨应该怎么处理闽粤的事情，闽粤公然对抗朝廷政策，此事是必然要予以处理的，但是在具体的处理方式上，重臣们的看法是不一样的。
申时行认为要以维护朝廷的稳定为第一要务，凡事镇之以静，徐徐图之，治大国若烹小鲜嘛，闽粤的事情虽然麻烦，但是对于大明来说，并不是什么大事情，抽丝剥茧，慢慢来处理，并不是很难解决的。
但是陈于陛、王家屏等阁臣都认为采取霹雳手段，解决闽粤的问题，同时以庞尚鹏为代表的闽粤籍官员自然是备陈闽粤这些年所面临的局面，庞尚鹏就说道：“今天下言盗贼之多者，莫过于广东；言募兵之费者，亦莫侈于广东。小民困于窘迫，生计艰难，大动干戈，诚非所宜。”
庞尚鹏是支持申时行的看法的，现在闽粤宜静不宜动，要缓慢的调整，从吏治到兵防，逐次改善，然后再谈打击豪强和走私等一系列的事情。
但是王家屏当然不能这么罢休的，王家屏当即出来说道：“大司农说的轻巧，眼下奸民豪右，横行乡里，上损国赋，下虐百姓，此何以缓图？正当行法之时也！”
王家屏的态度是很明确的，就是要严厉推行朝廷的各种政策，惩治这些地方豪强，庞尚鹏当然知道这些豪强在闽粤的势力极为庞大，但是这件事情是不能过于急的，否则是要激起民变的。
庞尚鹏赶紧说道：“王阁老，闽粤与其他地方不同，宗族强大，处之要慎重。”
这点庞尚鹏倒不是虚言，在大明，闽粤等地的宗族势力确实是极为强大的，这些地方的大姓宗族聚居，人口众多，往往超出乡里所能稽察的范围。广东的宗族势力强大，和方献夫、霍韬等人有密不可分的关系，他们不但是世宗朝大礼议的功臣，更是广东籍的官僚。
在大礼议中，有一个并不重要的细节，就是在霍韬等人的建议之下，开始允许祭祀始祖，而之前民间只许按照朱子家礼的规定祭祀其上的三代祖先。由于可祭始祖，“联宗祭祖”的情况纷纷出现，覆盖广泛地域与涵盖血缘关系的宗族组织得以应运而生。这也是闽粤等地宗族势力强大的起点。
霍韬解释“连宗祭祖”的直接原因是子女生前一同生活吃饭，死后若只有嫡长子能够得到祭拜，那么子
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