大明王朝接手南洋府后，一场关乎海外疆土治理的制度设计在此展开。
实际上，在叶梦熊前来上任之前，制度都已经拟定的差不多了。
朝廷以“因地制宜，恩威并施”为原则，迅速构建起一套融合中原官制与地方特色的政治军事体系。
南洋府下设八县四州，每处州县的核心权力中枢均由大明秀才担纲。
知州、知县为一州一县之首，总揽行政、司法、赋税等要务，皆由吏部选派的大明秀才担任，确保总督府以及中央政令畅通。
县衙核心属官，县丞，佐理知县政务，分管粮马、户籍等具体事务，亦为大明秀才出身……
主簿，掌管文书、簿籍，协助县丞处理庶务，同样由科举出身的文人担任……
典史，负责监察狱囚、治安缉捕。
教谕，主管推行汉话教学，儒学教化。
当然，也设置土人官吏，在保留部分传统治理架构的基础上，朝廷对塔顺国下辖的区域进行了特殊安排，原本官员中威望较高、愿归顺大明的首领，可被任命为巡检、驿丞等职，负责本族内部的事务协调与驿站管理，但需接受州县主官的节制。
这些官吏的任免需州县衙们上奏总督府核准，其治所内亦会派驻一名大明秀才担任“监吏”，既传达政令，也监督其施政是否符合大明律例。
军事力量部署，这也是重中之重。
朝廷调五千六百余名名精锐士卒驻守南洋府，按“上中下”三营编制，分别驻扎于府城及战略要地。
士兵皆来自大明内地，装备精良，训练有素，是维护区域稳定的核心力量。
除此之外，爪洼设立福建水师驻屯地，派驻六千余名水师官兵。
他们不仅负责沿海防务，还承担着海上贸易护航、抵御倭寇及海盗的职责，使南洋府的海陆防御连为一体。
除了这些正规军之外，还有本土的塔顺国协从军。
选拔一万多名塔顺国青壮年组成协从军，成员多为南宋移民后裔，以汉人为主。
这支军队按大明军制编练，装备由朝廷供给，战时听从大明正规军将领调遣，平时协助维护地方治安，既是对本地力量的整合，也减轻了大明驻军的防务压力。
因为在对付荷兰人的时候，马六甲区域的汉人海盗们立下了功劳，这次总督府设置，允许他们建造一城居住，但，他们也需给南洋府提供一千多人
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