张居正留守京师，每日都要汇总政务派人六百里加急，追上御驾，交予跟随皇帝陛下前往南京的大学士张学颜。
而后在由张学颜筛选之后，分交各部，用印，若遇机要，转交皇帝陛下亲览，做出决定后，再发中旨……
整个大明的政务还是按照原先的渠道，流程进行，只不过，在中间加了这个长途转运的环节。
六部尚书全部跟随皇帝陛下前往应天，可以说带走了大明朝行政的印把子……笔杆子……当然，五万多早早就被调遣出去，在各大枢纽驻防的京师三大营士兵，以及随御驾前往的数万士兵，数千名锦衣卫，这也说明，枪杆子也没有落下……
留守京师的文官，除了兵部，户部的侍郎，张居正之外，最高品级也不过四品。
在皇帝陛下离开京师的期间，京师军务交由禁军三营，京师三大营，以及留守指挥使司共管，加大了监军太监的权限，原本只负责监督将领的宫廷内监，有了调动军权的权利。
而锦衣卫，东厂的人员，要紧密关注京师官员，边疆将领，做到有问题及时发现，及时解决……不把问题留给南巡的皇帝陛下，给他老人家添堵。
锦衣卫，东厂这边从万历八年的十一月，就开始内部开誓师大会，各个级别的主事，军令状签了十几张……每一张军令状，若是出了疏漏，可都是要命的。
可以说，在皇帝陛下离开京师的这段时间。
对京师的百姓，对留守的文官，以及对各级的将领，士兵，都加大了约束。
首先，百姓这里，自陛下南巡之日起，要严格履行宵禁政策，以往，有人大半夜跑出来会小寡妇，巡夜的士兵，也大多睁一只眼睛，闭一只眼睛……
可皇帝陛下离开之后，你再想半夜去给寡妇跳水，那可是不能了，抓到就是牢狱之灾，应天府要把你家祖孙三代都查的仔仔细细，确保你没有作乱的动机，能力后，才会将你放出来……
对待官员的监督要比陛下在时，还要严格，首先，皇帝陛下离开京师的这将近三个月的时间中，官员们晚上不能扎堆饮酒，不得妄议南巡国政，不得猜测陛下行踪……
若是有人违反，陛下南巡京师官员临时管理条例的，轻者降职，重则双开……
而对待军队就更加严格了。
各级的将领，士兵，即便是一个小小的把总，伙头兵
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