，消极方面的也多。
朱厚璁南巡历时半年之久，期间虽有内阁留守，但重要事务需快马送至承天府请示。
因路途遥远，奏章批复迟缓，导致北方边镇军务如宣大防务、黄河水患等紧急事务被延误。
南巡期间，朱厚璁命东厂锦衣卫加强对沿途官员的监视，甚至搜集民间“诽谤巡幸”的言论。
江西按察使沈灼因私下批评“南巡劳民”被问罪，河南布政使因未曾修建醮坛，没有找到祥瑞进献，而被革职……形成恐怖政治氛围。
对民生的影响也极大。朝廷没钱，君父还要出去，怎么办，大明的子民承担这笔费用。
南巡途经河南、湖广等地，地方官员为筹备接驾，强行摊派“供亿银”，征用民夫修路搭桥、建行宫。
仅河南一省即耗费库银五十万两，导致多地“仓廪一空，民有菜色”。
最为重要的是，当时的皇帝陛下可是有着自己信仰的。
巡期间大搞道教斋醮，强令沿途州县建醮坛、献祥瑞，甚至毁毁毁佛寺以取建材。
江西龙虎山道士邵元节借机扩占寺庙田产，引发多地僧侣与道官冲突……和尚跟道士经常干架……