巡抚丁魁楚等人驻守紫荆关、雁门关，全力抵御清军。
更糟糕的是，当时正在河南包围高迎祥、李自成、张献忠等农民军的名将曹文诏，也被紧急调往大同驰援，这就给了农民军可乘之机。被困的农民军趁机突围，再次席卷中原大地，让本就动荡的大明雪上加霜。
崇祯八年，多尔衮、萨哈璘、豪格等人率领清军，进犯林丹汗旧部所在的河套地区，迫使林丹汗之子额哲彻底降清。与此同时，清军还侵入太原府所属的忻州、定襄、五台等州县，大肆劫掠，百姓流离失所，哀嚎遍野。
崇祯九年五月，皇太极派多罗武英郡王阿济格等统领十万八旗兵，再次兵分三路，分别从独石口、喜峰口等地入关。巡关御史王肇坤率领守军顽强抵抗，终因寡不敌众，兵败身死，明军被迫退保昌平。清军乘胜追击，又侵犯居庸关、昌平北路一带。七月，清军攻入京畿地区，攻陷昌平后，又相继攻下良乡，包围顺义。
明顺义知县上官荩与游击治国器、都指挥苏时雨等人，率领全城军民拼死守城。城破之后，三人拒不投降，全部殉国。清军士气大振，又接连攻下宝坻、定兴、安肃、大城、雄县、安州等近畿州县，京畿地区惨遭蹂躏。
崇祯十一年，清军以多尔衮、岳托为主将，再次绕道蒙古，从密云东面的墙子岭、喜峰口东面的青山口突破长城要塞。随后，清军沿着运河一路南下，直抵济南，沿途烧杀劫掠，俘获人畜四十六万之多。明廷急调辽东前锋总兵祖大寿率军入援，卢象升更是率领部众拼死奋战，最终因弹尽粮绝，壮烈阵亡，这场战乱被史书称为“戊寅虏变”。
令人愤慨的是，当时高起潜率领关、宁重兵，驻扎在距离卢象升部仅五十里外的鸡泽，却坐视不救。听闻卢象升兵败身死后，高起潜竟然率军东逃二十里，结果遭遇清军伏兵，全军大败，他自己仅以身免，狼狈逃窜。自请督察军情的枢辅刘宇亮，抵达保定后听闻前线战败，也吓得仓皇退入晋州。清军则乘胜长驱直入，分陷昌平、宝坻、平谷等地，京师再次陷入恐慌之中。二十日，崇祯帝无奈之下，下诏征召总督洪承畴和陕西巡抚孙传庭率军入卫京师。
崇祯十三年，皇太极采取“围点打援”的毒辣策略，将锦州城围
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