断了日军的退路。日军在山区进行了顽强的抵抗，甚至发起了自杀式冲锋，但在盟军的绝对优势面前，这些抵抗都显得徒劳。9月2日，盟军肃清苏拉威西岛全境日军，共歼灭日军3.2万人，自身伤亡1.9万人。
8月25日，美英联军集中优势兵力，对爪哇岛发起总攻。作为日军在东南亚的核心据点，爪哇岛驻守着日军71-75师团共10万人。盟军兵分三路，分别在雅加达、万隆和泗水登陆，形成合围之势。海军舰队封锁了爪哇海，彻底切断了日军的海上退路。日军在市区与盟军展开巷战，街道上到处是燃烧的车辆、倒塌的建筑和散落的尸体。盟军凭借坦克和火炮的优势，一步步推进，逐街逐巷地清理日军残部。9月10日，盟军攻克日军在爪哇岛的最后一个指挥中心——雅加达总督府，岛上日军10万人全部被歼，盟军伤亡3.5万人。
9月1日，美军第24步兵师与英军第7澳大利亚师联手进攻新几内亚岛。日军76-80师团共10万人驻守在此，依托岛上的热带雨林和山地，试图复制加里曼丹岛的防御模式。但盟军吸取了加里曼丹岛血战的教训，提前派出大量侦察机绘制地形地图，组建了专门的丛林作战部队，配备了轻便的丛林装备和喷火器。
进攻过程中，盟军先用喷火器烧毁日军隐藏的丛林据点，再用迫击炮轰击日军的工事，一步步蚕食日军的防御阵地。日军的补给线被盟军切断，士兵们在饥饿和疾病的折磨下战斗力大幅下降，不少人选择投降。9月28日，盟军肃清新几内亚岛全境日军，共歼灭日军10万人，自身伤亡4.2万人。
9月30日，随着新几内亚岛最后一股日军残部被歼灭，东南亚五大岛的作战正式宣告结束。这场从1月持续到9月的战役，盟军共歼灭日军40万人，彻底摧毁了日军在东南亚的军事力量，控制了整个东南亚的岛屿群和战略要道。而美军的总伤亡人数最终定格在40.4万人，其中加里曼丹岛的伤亡占了近四成，英军也付出了8.6万人的伤亡代价。