殖民者施行种种酷刑，阿马鲁手臂断裂，浑身没一块好肉。他轻蔑地训斥审讯人：“哪怕你们将我撕成碎块，我也不会吐露一点真情!”连暴君阿雷切也不得不承认“他身上有一种坚韧不拔和镇定自若的力量”。
英雄的战友继续在各地战斗。为了恫吓起义者，西班牙殖民当局匆匆判处图帕克阿马鲁“四马分尸”。1781年5月18日，在末代印加王就义的广场上，殖民者将阿马鲁的四脚捆紧，绳索分别连在四匹马的身上。临刑前，当着他的面，将他的妻子米卡埃拉和两个儿子先行处死。接着，4名刽子手同时策马，向4个方向狂奔。阿马鲁的身体瞬时悬在空中。奇迹出现了，4马巨力拽不断英雄的躯体，他依然高高悬在空中。在场观刑的西班牙人惊叫起来，以为英雄是钢铁铸成的。更奇的是，并非雨季的库斯科突然刮起了一阵狂风，晴天忽降暴雨。苍天震怒，山河同泣，惊得殖民者四散奔逃。阿雷切惊恐而尴尬，慌忙下令斩首，将首级和四肢送各省示众。
殖民者将阿马鲁的宅院夷平并撒上盐，天主教士大念咒语，要让他“永世不得超生”。他10岁的幼子也被搜获，当为“战利品”送往西班牙，不久惨死狱中，遂了殖民者“斩草除根”之愿。然而，印第安人却相信图帕克阿马鲁并没有死，至今还在流传他永生的故事。
英雄牺牲后，起义军继续在他表弟克里斯托瓦尔领导下，坚持战斗近一年。
在图帕克阿马鲁敲响了西班牙殖民统治的丧钟，30多年后导致了南美大陆的解放。