镇”（就是史可法、高鸿图、左懋第、朱以海、高杰、黄得功）明军采用了两种不同的军制。
一种是朱慈烺引入了西洋军制，高杰、黄得功两军都学了模范军的办法，将长枪兵和火铳兵混编，以500人左右的方阵营为基础作战单位。
另一种则是由戚继光的车营，史可法、高鸿图、左懋第、朱以海等四镇都选用了这种军制。
不过他们也不是完全照抄，而是根据实际情况进行了改进，取消了佛朗机炮车和火箭车的配置，也没有镋钯手。而是以长枪、弓箭、鸟铳、刀牌等兵种配合偏厢车，同时再配置一些轻型的大将军炮（一斤炮）。
在接敌的时候，偏厢车可以首围相连组成车阵，配合火炮、火铳，就足以对抗清兵的铁骑了。不过这种车营机动性很差，只能走大路，行进速度也较慢，只能稳扎稳打。
现在史可法、高鸿图、左懋第、朱以海等四镇都编成了三到五个车营，每营满编都是三千一二百人，四镇合计可以拉出十六个车营，总兵力有五万之众。再加上黄得功所部的二十营，以及一些辅助的骑兵。不算随军民壮，沿着运河北上的这一路也能凑齐七万大军！
而今天将走水路离开南京的则是洪兴皇帝亲率北伐后军，包括两个步兵师、两个骑兵团、两个炮兵团和朱慈烺的侍卫营，大约三万五千余人——根据计划，这两个师将会视南、北两路北伐大军的进展，再决定从何处进军？
如果两路北伐大军进展顺利，成功的将清军的主力吸引到辽西和山东战场。那么朱慈烺就会亲率这两个师登陆大沽口，沿着天津卫河和大运河进军，去抄多尔衮的老巢。
如果两路北伐大军，特别是南路军进展不顺，那么朱慈烺就会率领这两个师去增援。
在南阳、襄阳一带，凤阳府一带和应天府境内，还各摆了一个师的模范军，这是为了防备张献忠或是清军大举杀入南明腹地——张献忠有可能被清军逼向南明境内，而多尔衮也有可能祭出围魏救赵的招数，利用清军的机动性突然淮南，以迫使明军回援。所以朱慈烺不得不防一下。
这三个师同时也承担着预备队的角色，特别是布署在凤阳府和应天府的两个师可以随时由水路北上，
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