权也都掌握在旗主手里，即使如皇帝黄台吉也只是在打仗的时候，才能征调各旗壮丁从军出战，平时并不得插手各旗内的事务。
后来，黄台吉为了进一步集权，才开始在满洲八旗中设置固山额真，为一旗的军政长官，负责管理全旗户口、生产、教养、训练等诸般事务。
当然，固山额真虽拥有很大的权力，但他毕竟不是本旗军民的主子，而只是总管各旗一切事务的最高官将，真正的一旗之主，一旗军队的最高统帅，乃是该旗之旗主贝勒。
每旗所设置的一名固山额真、两名梅勒章京等官将皆系本旗旗主之臣，双方有着主仆的隶属关系，各旗兵士亦系该旗旗主贝勒之兵士。
用兵征战的大权，仍是归在皇帝及旗主贝勒所掌握，只不过，这些固山额真是流官，他们的任命权决定在黄台吉手中，所以他们现在只需要听从黄台吉一人之命即可。
而满洲八旗中正黄旗、镶黄旗乃是清国皇帝亲为旗主，所以这两旗的旗主就是黄台吉本人，因此只设有固山额真。
还有代善，他本来只是正红旗的旗主，但由于镶红旗的旗主岳托在崇祯十一年入寇大明时，被张诚斩杀于阵中，镶红旗也就由礼亲王代善暂代旗主。
蒙古八旗记有：
正黄旗固山额真是阿代。
镶黄旗固山额真是图赖。
正红旗固山额真是恩格图。
镶红旗固山额真是布颜代。
正白旗固山额真是伊拜。
镶白旗固山额真是苏纳。
正蓝旗固山额真是吴赖。
镶蓝旗固山额真是扈什布。
没有例外的，蒙古八旗的各旗就只有固山额真，而没有设立旗主。
蒙古八旗中各旗的固山额真里，更只有阿代、恩格图、布颜代、達賴四人为蒙古人，余者皆以满人出任。
汉军旗，现在还只有四个旗的规模，分别如下：
纯青镶黄旗固山额真是石廷柱。
纯青镶白旗固山额真是马光远。
纯青镶红旗固山额真是王世选。
纯青旗固山额真是巴颜。
此外，天佑军固山额真恭顺王孔有德，梅勒章京怀顺王耿仲明；天助军固山额真智顺王尚可喜；以及续顺公沈志祥等汉将也在御帐内肃立，
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