除了九边效仿戚继光兵制组建的步、马、车、辎四种兵营外，其他的官兵，除了卫所还算有建制外，其他官军编制都很混乱。
而卫所虽然建制还在，但因为九边时常抽调正丁，所以卫所也急缺兵员，可以说大明朝在这个时期，因为兵部不敢擅自撤销卫所编制，也就是所谓的祖制，而各地守备又会按照实际情况调配士兵，所以各部的兵力差异极大。
按照朱元璋建立的卫所制度，卫所基层编制是百户所，每所112人，长官为百户，下设2个总旗，每旗50人，共10个小旗，每旗10人。
往上，是个百户编为一个千户所，五个千户所编为一个卫所，共有兵员5600人。
但各地镇戍军主要从各卫所抽调，但也有相当多的军卒由招募而来。
镇戍军以营为基本组织单位，它的组织即称兵营，兵称营兵。
各地各镇兵营，军卒多寡，就没有统一规制，而是看统兵官需要。
从总兵到把总所领之兵均可独立成营，人数参差不齐，编制规模悬殊，不像卫所军那样整齐划一。
大体上，营部五十人为队，五百人为司，司有把总一人。
千人为哨，哨有千总一人，三千人为营，营有中军一人。
有的营兵则是伍人为伍，二伍为什，外立什长一名，三什为队，立队长一名。
三队为哨，外立哨官一员，五哨为总，外立把总一员。
五总为营，俱属主将一员。
陆师编制都如此混乱，完全是主官自己安排，所以到了水师营，俞大猷也是按照自己的习惯进行的编制。
大体上，他采纳了戚继光的战法。
在陆战队主要作战力量是仿照戚继光“司”的作战单位，以12人为一队，每队设队长1人；3队为一旗，每旗设旗总1人，全旗官兵37人；3旗为1局，每局设百总1人，官兵共112人；4局为一司，每司设把总1人，官兵共449人。
只不过，在戚继光的部队里，鸟铳和弓箭在军中配置颇高。
但南洋气候潮湿，弓弦保存不易。
于是，戚继光军中的火箭手就全部被配置为鸟铳手，这也导致水师的陆战营火器配置比边军还要高，甚至远超戚继光的步营，火器占比超过六成。
其中，还大量装备虎蹲炮和中型佛朗机炮，以及三门轻型将军
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