不管外界的议论如何，朱由检都认真穿上衮冕服行告天礼，去奉先殿谒告祖宗。准备在群臣讨论出结果后，以上天名义确定新的纪元。
次日，朱由检再次到皇极殿上朝。
听取群臣处理天启皇帝后事的进展后，朱由检便见到他们争先恐后地就纪年发表看法。反对设立新纪年的意见虽然也有，却淹没在众人议论里。
朱由检认真听取，发现群臣所奏意见虽然各有不同，总体来说却不外乎三种：孔子纪年、黄帝纪年、干支纪年。
支持孔子纪年的自然是儒家之人，想要仿照基督纪元，确定孔子纪元。
支持黄帝纪年的比较复杂，有的是信奉黄老道教之人，有的是勋贵一派，还有的揣摩圣意、想要投皇帝所好。
支持干支纪年的想法最为简单，他们认为现有的干支纪年法已经很好，只要选定一个元年、用数字编排就行了，不用有大动作。
三派吵吵嚷嚷，朱由检也不参与，让他们自己吵出结果。
最终，孔子纪年因为有把儒家宗教化的嫌疑，被许多文人所排斥。黄帝纪年和干支纪年争论之下，最终逐渐合流，甚至还引用儒家先贤学说，让支持孔子纪年的人也说不出反对：
“孔颖达《尚书正义》有云：”
“《世本》云：‘容成作历。大挠作甲子。’二人皆黄帝之臣，盖自黄帝已来始用甲子纪日，每六十日而甲子一周。”
“《史记》有云：盖黄帝考定星历，建立五行，起消息，正闰馀。”
“既然黄帝制定历法是用甲子纪日，我们可以定黄帝制定历法之年为元年，以黄帝纪年，并用干支纪年。”
众多意见统一，似乎结束了争论。然而，因为黄帝的年代久远无考，导致这只是更大争论的开始。
围绕着黄帝什么时候制定历法，众人议论纷纷。还有人提议应该以黄帝登极之年作为元年，这样争论就更多了。
有人按《皇极经世》推算的尧舜年代往前推，有人按《帝王世纪》往前算，却都难以确定年份。
最终，还是朱由检一锤定音：
“《大戴礼记》云：”
“宰我问于孔子曰：‘昔者予闻诸荣伊，言黄帝三百年。请问黄帝者人邪？亦非人邪？何以至于三百年乎？’”
“孔子曰：‘生而民得其利百年，死而民畏其神百年，亡而民用其
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