潜入敌人的秘密据点与实验基地，获取各种情报，同时也能暗中破坏敌人的设备与实验，给玩家创造有利的条件。值得注意的是，这些潜行特工实际上是一种特殊的友善单位，需要特定的支线任务或者道具才能开启与它们交流的可能。
除了这两种主要敌人，霓虹都市区还有一些零星的高阶敌人，比如“高级研究员”与“指挥官”。高级研究员能够操控机械傀儡，这些机械傀儡配备了先进的武器与防御系统，能代替它们本人进行战斗，进一步提升战斗的难度，同时它们也能使用大量的智能装备，哨兵，武器，并有可能能够利用周围的大型设备进行攻击。属于一种中立单位，不需要特殊任务就能接触，但如果想要获得它们的帮助，就需要完成一些它们提供的支线任务，或者找到一些关键的道具。机甲指挥官则是高科技敌人的首领，它们驾驶着银色的中型或者大型机甲，机甲比普通都市守卫的机甲更加强大，配备了更先进的武器与防御系统，比如大型激光炮、导弹发射器、能量护盾发生器等，散发着强大的能量波动。指挥官能够指挥都市守卫协同作战，形成一套无解的战斗体系，而且它们自身的战斗力也极其强悍，能释放强大的激光束、导弹雨等，对范围内的玩家造成巨额伤害，还能释放能量护盾，抵御玩家的攻击。这些驾驶着强力机甲的指挥官大多驻守在霓虹大厦的顶层，很少亲自出手，但一旦玩家闯入霓虹大厦的核心区域或是在附近被目击到，或者对霓虹大厦本身造成巨大威胁或是破坏，它们就会亲自出手，对玩家发起疯狂的攻击，直到将玩家彻底消灭，并会给玩家附上一个‘通缉’的负面效果，只有消灭发布通缉命令的指挥官，或者离开霓虹都市区域，才能消除这个负面效果。
在霓虹都市区，除了强悍的敌人，还有一些中立单位与友善单位，它们的存在，为这片繁华的都市，增添了一丝真实的气息。中立单位主要是“都市商人”与“普通市民”，都市商人是一群在都市中经营各种生意的商人，它们有的经营商场、超市，有的经营餐厅、酒吧，有的经营武器装备店、道具店等，玩家可以用城市内获得的数码资产，能源电池，武器，情报等向它们购买各种物资，而且它们的
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