智宅院落内，来到了宅邸前，柯南想要打开门却打不开——
但是，就在此时，柯南却看到了有一封信，竟然夹在了宅邸大门的门缝里。
于是，柯南便没有多想的，赶忙就跳起来伸手去将门缝里的信封拿了下来，着急的将信封打开，翻阅起了里面的内容——
“致白色侦探。向赖远市出发。为了让黑色孩子们进化而在门等候，在没有光明的一星期，是风儿飞舞之地。线索在车上。”
如此，完全是打印出来的文字，柯南读完之后却是一脸紧张——
“‘为了让黑色孩子们进化’？灰原就是在黑色组织中，研究与人成长有关的药物……带走她的果然是组织的人吗？”
下意识的，在通读完这篇信的内容后，柯南表情一脸的凝重，下意识的这么对于其中的这句话这么思考着。
然后，就是最后的那句“线索在车上”……
如此，柯南知道明智先生的车在之前泽木公平的事件中已经坠毁后就没有再买新车，那么所谓的车难不成……
想到这，柯南直接跑向了隔着自己家的阿笠博士家里——
这里，阿笠博士的那辆黄色甲壳虫也不在这，并且阿笠博士家的门也是紧锁着，加上打阿笠博士电话也不接……
对此，眼前所发生的一切，让柯南有些迷惑了……
……
而此时，正当柯南在阿笠博士的家中见不到阿笠博士跟他的车时，在一条不知在哪的河边，阿笠博士的那辆黄色甲壳虫却正停在这里。
可是阿笠博士人却不在车内——
相反，在车前的河流中，阿笠博士，他本人跟他的手机，此时却全都在这河流之中。
手机已经掉入河底，而阿笠博士，则是上半身倒在河中、生死未卜……