帅部院，行政治国，而军事权力则牢牢掌握在皇帝手中，内阁只有建议权而不能直接干涉官军。
而在此之后内阁也奏请朱载坖，希望朱载坖能够圣驾亲临廷议，但是被朱载坖所拒绝了，朱载坖以圣躬不豫为由，令太子权同处分，主持廷议。
而王锡爵在之前已经和吏部、都察院等商量好了结果的，所以当天的廷议并没有出现内阁和吏部、科道激烈对抗的局面，这是很多官员所没有想到，而对于王锡爵所拟定了京察大计新则，很多官员都是惊叹于王锡爵的狠辣，张居正搞出了考成法，已经让很多官员苦不堪言了。
但是王锡爵对于京察大计的改革就更是要命，王锡爵将京察大计的主导权交到了科道手中，对于在京察大计中被发现有贪墨行为，可能涉及触犯刑律的，是要直接送都察院法办的，这下使得京察大计的杀伤力直线上升，对于大明的这些官员们来说，之前的京察当然也很可怕。
因为如果是在京察大计和之后的拾遗中被处以冠带闲住、罢职为民等处分的，是永不叙用的，但是对于大部分在京察大计中受到处分的官员们来说，一般都是革职留任或者是降调等处分，这些处分对于这些官员们来说其实还算是能够接受的。
但是现在根据王锡爵所拟定的京察新则来处分这些官员的话，一旦发现了涉及触犯刑律的行为，就不是吏部来处分了，而是都察院来处分了，这就使得这些官员极为担心了，降调什么他们并不怕，但是送都察院以刑律惩治那就是十分要命的事情了。
所以很多官员们都予以反对，认为此事过于严酷了，但是王锡爵在奏明朱载坖之后得到了朱载坖的支持，朱载坖当即御批同意，而且指令内阁领导此次京察大计。
而在朱载坖的支持之下，王锡爵以阁谕的形式明确指挥部院开始京察大计的各种准备措施，这点也是王锡爵和申时行的不同之处，申时行几乎是从不动用阁谕，一向都是以咨文的形式与各部院交流政务，但是王锡爵现在明确规定，内阁与各部院的公文往来，内阁必须使用阁谕。
这样就使得内阁和部院的上下级关系更加明确了，而且朱载坖还特地降旨，要求大明内外官吏，由贪墨者，在京察大计之前主动自首并且缴回贪赃所得的，以自首论，减三等处
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