官军在击败叶尔羌军队之后，自然是追亡逐北，之前叶尔羌士卒的挑衅也激怒了官军，吴兑命令官军各部不准接受叶尔羌军队投降，既然要挑衅官军，就必须付出代价，这点是毋庸置疑的，官军一直追击叶尔羌人直到天黑才收兵。
而在京师，在太子的主导之下，针对闽粤两省的整顿也展开了，之前朱载坖已经命令曹国公李言恭出镇广东，加强朝廷对于闽粤两省的控制，同时将东海水师以避冻为由调闽粤两省驻扎。
而太子主要是针对闽粤两省的吏治问题开刀，广东道、福建道的御史被朝廷更易之后，对于这两省以府为单位进行的清查，同时对于海关、税务等分司的账目，由都察院和海关、税务总署派遣专员以钦差的形式予以核查，事实证明，这些官运是经不起朝廷认真查察的。
在御史们的核查之下，很快就核查出了这些地方官员们的相关罪证，放纵地方豪强欺压百姓，在清丈田亩中弄虚作假，放纵走私和私港等情况，在科举、吏员考选之中弄虚作假，这些罪名一旦做实，就不是丢官罢职这么简单了，对于这些被清查出来的赃官，朱载坖自然是不会客气。
朱载坖立即下旨，将这些涉案官吏，七品以上的，移送浙江、南直审断之后报法司复核，七品以下的，闽粤两省异地审断，应当判处极刑的，直接向大理院奏报之后送朱载坖勾决，决不待时。
这么多的官吏被弹劾，甚至是收系，必然出现地方政局的动荡，朱载坖一面命令御史们暂时代理州县政务，同时命令吏部迅速选拔新的官员到任，而吏部文选司郎中方从哲则是向朱载坖上了铨政刷新疏，提出应该刷新铨政，方从哲认为，对于朝廷的选官制度进行改革。
方从哲对于现在朝廷所实行的铨选制度还是有一些看法的，现在朝廷的铨选制度集中于文选司，而文选司对于各种官职并不一定了解，使得铨选有很大的随机性，这些问题在之前方从哲通过吏部尚书杨俊民的密疏中已经说过了，朱载坖命令方从哲详细上疏就此事予以讨论。
方从哲也向朝廷上疏详细讨论了此事，现在吏部负责文官铨选的主要是文选司和考功司，考功司与文选清吏司形成"选任-考核"的闭环管理体系，考功司主要是负责按照考成法
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