对于申时行的举荐，王锡爵等一干重臣也都表示支持，石昆玉在隆庆二十四年由户部郎中出任苏州府知府。“按治豪横，剖析狱讼，舆论翕服。”在苏州府严厉打击这些当地的豪强，搞得申时行、王锡爵的家人都被石昆玉所惩治，十二他们两人都极为狼狈，但是朱载坖反而非常欣赏这样的强项令，多次予以保全。
同时，原户部尚书王国光在致仕之前也向朱载坖着重推荐了石昆玉，对于他王国光等重臣还是很看好的，朱载坖也认为他还是很不错的，所以申时行一直不敢动石昆玉，但是现在这个机会，申时行自然是举荐石昆玉，将他以重用的名义高升调走，这是最好的方案了，朱载坖当然也知道申时行的想法，不过现在确实是需要一个强项令去广东处理此事。
朱载坖想了一会之后就说道：“加石昆玉右副都御史兼南京兵部右侍郎巡抚广东兼理海关、市舶、粮储等事，给王命旗牌。”
这是一般巡抚所没有的权力，大明的巡抚一般的差遣就是巡抚某处兼理粮饷等事，沿边的巡抚由于要承担边防事务，所以照例会给王命旗牌用以在战事节制沿边官军，但是海关等一向都是朝廷直属，地方不能插手的，这次朱载坖破例给石昆玉加兼理海关、市舶等事，就是要他负责处理广东的这些大海商们。
由于闽粤地方宗族势力比较强大，所以朱载坖还给石昆玉以王命旗牌，准许他调动官军，以保证各种政策的顺利实施，同时朱载坖还将下一任苏州知府的给定了下来，朱载坖调原江西道掌道御史李汝华为苏州知府，朱载坖之所以用李汝华为苏州知府，就是因为李汝华练达勤敏，立朝无党阿，在江西道掌道御史任上，揭发惩处了一干贪官污吏，这点是朱载坖很看重的。
同时之前石昆玉还向朱载坖推荐过苏州推官袁可立，朱载坖认为这也是个很不错的人才，之前由于石昆玉惩办了申时行的亲戚，申阁老对于此事自然是极为恼火的，所以申时行授意应天巡抚李涞收拾石昆玉，李涞以石昆玉擅自直取府库银两为由准备收拾石昆玉，但是查来查去不但没能抓到石昆玉的把柄，反而引来了科道和一些致仕重臣的关注。
连致仕回乡的原户部尚书、顾问咨询大臣王国光也以密疏向朱载坖为石昆玉辩诬，科道
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