对于商屯，朱载坖虽然也不排斥，但是朱载坖显然并不认为商屯是一个能够很好解决事情的方案，所谓商屯其实是和开中法一道实施的一种政策，由于大明在很长一段时间实施的是实物开中，也就是商人要将朝廷所指定的粮秣等物资运输到朝廷所指定的边境仓库，才能够获取盐引。
而对于西北来说，转运粮秣是一件极为痛苦的事情，之前三边总制余子俊就和朝廷算了一个账：“运输于河套米豆值银九十四万两，草六十万两，每人运米豆六斗，草四束应用四百七万人，约费行资八百二十五万两。”
也就是说，运费的价格已经是运到的货物价值的数倍了，这种生意，是没有商人会去做的，所以在这种情况之下，为了节约成本，在九边就出现了所谓的商屯，盐商为节省运输成本，遂招募农民在边境开荒垦种，这样的话，可以极大的节约成本，同时在边疆屯田，也可以缓解当地的粮食短缺问题，确实是一个很重要的办法，在开中法盛行的时候，盐商在山西、贵州等地形成屯田体系，通过招募民众垦荒解决卫所军粮短缺，促进边疆土地开发与汉族移民迁入，确实是极大的缓解了边镇的粮食问题。
对于商屯，朝廷的要求是自出财力、自垦边地、自种豆粟、自筑墩台、自立堡伍，这对于商贾来说投资是不小的，而且商屯对于朝廷政策的依赖实在是太大了，之前朝廷实施实物开中法，盐商们为了减少成本，获取更多的利益，故而在边境屯垦，但是弘治年间的叶淇将实物开中变为了折银开中之后，商屯就遭到了毁灭性的打击。
所以现在很多的大臣希望能够重新恢复商屯，因为实物开中已经被朱载坖所恢复了，在这种情况下，从隆庆初年开始，在辽东、大宁等地的商屯有所发展，但是在西北的商屯已经遭到毁灭性的打击，根本无法再恢复了。
户部左侍郎赵世卿就上疏朱载坖称：“祖宗旧制有上下两利，不得不议复，公私俱病，不得不议更，则召商开中以裕边，酌议清勾以实伍是也。按永乐每盐一引，输边粟二斗五升。商人争出财力，募民垦荒。天顺中斗粟值银二分，边储大裕。成化中尚书叶淇议改折色，商徙农散，乐土变为荒芜。后虽有仍征米、豆、自林之令，然不过十中
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