唐之庭州所能够建立的起来的重要依托，河流来水减少，已经不能够支撑官军在此地的大规模屯垦了。
所以吴兑和李成梁上疏，请求将庭州搬迁到更加适合的地方去，朱载坖当然是很清楚水源对于西域的重要性，而整个庭州，绿洲和冰川面积小，数量有限，分布不均；均为内陆水系，一律由山地流向盆地，流程短，多数自然流失。冰川、积雪分布在南部的高山上，由于地处内陆干旱盆地区，河流均发源于高山，流失于盆地，为内陆河。河流流程短，水量小，除玛纳斯河在下游汇成玛纳斯湖外，其余都是无尾河。条件自然是极为不好的。
而在整个西域，最适合屯垦的自然是首推伊犁了，地跨准噶尔盆地南北两翼，地处天山山脉、阿尔泰山脉和准噶尔山地之间，主要由伊犁盆地、准噶尔盆地、塔额盆地和额尔齐斯河谷等地理区块组成。同时由于有冰川融水的补充，伊犁河流、湖泊众多，降水也较为丰沛，是整个西域当中环境最好的地方的。
而除此之外，就是乌鲁木齐了，所以能够拿下乌鲁木齐的话，对于朝廷来说是很重要的，李成梁在奏疏中也说的很明确，现在蒙古诸部迫于大明的压力已经有开始联合的迹象，李成梁建议先发制人，朱载坖于是要求李成梁详细上奏方略，同时对于西域蒙古部落的情况，朱载坖也开始予以了解了。
同时之前所搜集的各方面资料，现在瓦剌实行的是所谓的兀鲁斯制度，在这个制度下，由汗、大台吉、图什墨尔（蒙古语为“官吏”之意）等组成，处理有关鄂托克的重大事件；德墨齐，主管王府事务；札尔扈齐，负责司法；阿尔巴齐主管差贡事务；库图齐纳尔系承办汗或大台吉“一切蒙古包及搭支帐房之属”；札哈沁主管防守边界；乌鲁特主管铁匠、负责铸造兵器和各种器具；包齐那尔管理军营、枪炮等；宰桑，管理鄂托克，一般为世袭领主；宰桑下设达鲁噶、札萨固尔、德木齐、收楞额，分别负责管理官员、执政、监察、收税；鄂拓克，即原先的千户，它既是构成蒙古社会的基本经济单位，又是瓦剌的基本军事单位，又名“和硕”。
每个鄂托克由几个不等的爱马克组成，分管战争、防卫、行政、司法、征税等。而瓦剌的平民被称
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