所以说朱载坖最终是采取了折中的办法，对于阁部重臣子弟，准许参与科举考试，但是不能够再参加朝考进入翰林院，也算是对于这些重臣子弟的一种限制，防止出现阁臣子弟再科举甚至是朝考中舞弊的情况，对于重臣子弟确有才学的，由皇帝亲自召试或者是再次参加制科考试，由皇帝特旨才行。
同时对于重臣的其他子弟，应该恩荫的还是要予以恩荫，朱载坖的看法就是，以恩荫为常例，以科举为特例，虽然没有明说，但是对于阁部重臣子弟的科举，还是做了一定的限制，同时对于确有真才实学的，也要予以特旨拔擢，当然现在最大的特例也就是陈以勤、陈于陛父子了，不过他们两人还是很大的特殊性的。
首先陈以勤这个阁臣本身就没有什么政治权力，陈以勤能够入阁，最主要的原因就是陈以勤是朱载坖的讲官，而且陈以勤在内阁主要的工作就是编撰实录、会典和国史等事情，从不参与朝廷的大政方针，而陈于陛也算是子承父业，中式之后也是一直主持国史的编撰工作，所以科道对于他们父子两人，并没有过多的供给。
但是对于张居正、张四维、申时行等人，就不一样的，科道普遍认为他们的吃相太过于难看，不仅要子弟中式，还想参加朝考，这是准备垄断阁臣吗？这显然是不行的，朱载坖也断然不会容忍这样的事情发生，朱载坖的态度就是恩威并施，一方面给辅臣的其他尚未参加科举的子弟恩荫，断绝科举，另一方面对于已经参加科举的，不再允许他们参加朝考，不入翰林，这样的话，能够对于重臣子弟进行限制。
朱载坖同时命令对于科举尤其是县试、府试、院试进行改革，排除地方势力对于生员选拔的干预，只有这样，才能够保证朝廷科举从源头上公平，同时还要严厉打击各种科举舞弊行为。
在现在大明的各种科举舞弊行为中，朱载坖认为要重点打击的是请托、割卷、倩代等行为，首要打击的当时请托，这也是科举舞弊中最普遍的事情，尤其是在乡试和会试中是极为普遍，请托一般分为三种，一为：有权势子弟，或托请到了有权势者，甚至朝中重臣写条子、捎口信；二为：有钱者自己或者托与考官有关系之人给主考或者考官送银子，考官在收取银子之后，或
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